Berangkat dari tuntutan umat yang semakin meningkat, dan dihadapkan pada kenyataan kurang memadainya perangkat infrastruktur di beberapa pesantren. Maka tergeraklah para pimpinan pesantren dan ulama untuk merumuskan masalah-masalah guna dicarikan jalan pemecahannya.

Dari berbagai pertemuan yang dilangsungkan dari pondok ke pondok, maka disepakati berdirinya Yayasan Al-Khairat Pamekasan, sebagai wadah resmi melakukan pengabdian bersama.

Yayasan Al-Khairat Pamekasan, untuk pertama kalinya berkantor di Pondok Pesantren Banyuanyar Desa Potoan Dheje, Kecamatan Palengaan, Pamekasan, dengan akta notaris tertanggal 21 Mei 1985. Yayasan ini menjadi wadah atau konfederasi pesantren Pamekasan, dan sekitarnya. Antara lain Pondok Pesantren Banyuanyar, Pesantren Bata-Bata, Pesantren Gunungsari, Pesantren Nyalaran, dan beberapa pondok lain di Pamekasan.

Pesantren tersebut memiliki beberapa lembaga pendidikan keagamaan yang berada dibawa naungan Yayasan Al-Khairat Pamekasan. Lembaga yang dimaksud berupa lembaga pendidikan formal dan non formal.

Pada tahun 1989 sesuai dengan SK Yayasan Nomor 17/A.1/YAK/I/89, tertanggal 2 Januari 1989. Disepakati untuk pendirian Perguruan Tinggi (PT) di lingkungan Yayasan Al-Khairat Pamekasan. Dengan lahirnya keputusan itu, maka terbentuklah Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) dengan SK Menteri Agama RI Nomor 38 Tahun 1992.

Pada tahun 1997, STIT Al-Khairat Pamekasan berubah nama menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Khairat Pamekasan, dengan keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor E/69/97 tentang perubahan nama STIT Al-Khairat Pamekasan, jurusan Pendidikan Agama Islam (tarbiyah). Menjadi STAI Al-Khairat Pamekasan.

Memasuki tahun 2008, STAI Al-Khairat Pamekasan, melakukan proses akriditasi dan mendapatkan nilai dengan predikat B. sesuai dengan keputusan Badan Akriditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomor 018/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008.

Untuk melengkapi dan memenuhi harapan dan kebutuhan masyarakat, STAI Al-Khairat Pamekasan, mendapat ijin operasional Program Studi (Prodi) baru pada jenjang Strata Satu (S1) pada tanggal 28 Februari 2013, yakni Prodi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dengan SK Dirjenpendis Nomor 447 Tahun 2013 tentang ijin penyelenggaraan Prodi.

Pada tanggal 17 September 2013, STAI Al-Khairat Pamekasan, sudah melakukan perpanjangan akriditasi dengan peringkat nilai B sesuai dengan keputusan Badan Akriditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), Nomor 240/SK/BAN-PT/Ak-XI/S1/XI/2013.

Berikutnya Prodi Ekonomi Syariah (SE) dengan SK Dirjenpendis Nomor 3656 Tahun 2014 tentang ijin penyelenggaraan program studi strata satu (S1) Pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta, tahun 2014, tanggal 1 Juli 2014.

Pada awal 2017, kampus yang beralamat di Jl. Raya Palengaan (Palduding) Nomor 2 Pamekasan, kembali berencana kembali membuka dua prodi baru. Masing-masing Prodi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) dan Prodi Bimbingan dan Konseling Pendidikan Islam (BKPI).
Bahkan STAI Al-Khairat Pamekasan, juga secara resmi bertransformasi menjadi Institut Agama Islam (IAI) Al-Khairat Pamekasan, melalui penyerahan SK perubahan status dari Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kemenag RI di Jakarta, Senin, 23 April 2018.
Penyerahan SK dan sertifikat perubahan status yang ditanda tangani oleh Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kemenag RI Kamaruddin Amin, diterima langsung oleh Rektor IAI Al-Khairat Pamekasan Abdul Muin di Hotel Lumire Jl Senen Raya Jakarta Pusat, DKI Jakarta.
Perubahan status tersebut berdasar keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 6016 Tahun 2017 tentang Perubahan Bentuk STAI Al-Khairat Pamekasan menjadi Institut Agama Islam Al-Khairat Pamekasan, per 13 Oktober 2017.